Osnovne organizacijske jedinice:
Kabinet ministra
Sektor za prostorno planiranje
1) Odsjek za planiranje
2) Odsjek za bazu podataka
Sektor za korištenje zemljišta na federalnom nivou i odobravanje radova na zaštiti nacionalnih spomenika
1) Odsjek za odobravanje građenja građevina iz nadležnosti Federacije
2) Odsjek za odobravanje radova na zaštiti nacionalnih spomenika
3) Odsjek za izdavanje ovlaštenja pravnim i fizičkim osobama i nostrifikaciju građevinskih proizvoda
Sektor za obnovu i zaštitu nacionalnih spomenika, energetsku efikasnost u zgradarstvu i implementaciju projekata
1) Odsjek za obnovu i zaštitu nacionalnih spomenika
2) Odsjek za energetsku efikasnost u zgradarastvu i implementaciju projekata
Sektor za pravne, opće i finansijske poslove
1) Odsjek za pravne poslove
2)Odsjek za upravno rješavanje
3) Odsjek za financijske poslove
4) Odsjek za opće poslove
5)Odsjek za javne nabave
Sektor za internu reviziju
Sektor za strateško upravljanje razvoja Federacije BiH i europske integracije
1) Odsjek za strateško upravljanje i planiranje razvoja
2) Odsjek za Europske integracije i korištenje sredstava EU fondova
Jedinica za implementaciju projekata (PIU)